日前，中國地質科學院水環所經過積極探索，反復試驗，建立了適合土樣和地下水樣的微生物分子生物學檢測高新技術。
土壤微生物檢測技術通過對不同樣品微生物DNA的提取，將提取的DNA進行擴增并識別，來確定樣品中微生物的多樣性和種屬，具有性和準確性，免去了煩瑣、需時長的培養過程，可檢出傳統方法不可培養的微生物，并能原位反映微生物群落結構的真實情況。微生物分子生物學技術的建立，突破了長期以來一直采用的傳統微生物培養技術方法。該技術在污染修復、成巖成礦成油機理研究、微生物找礦、污水處理等方面具有廣泛的應用前景，是一種快速準確的高新技術。
目前，傳統的微生物培養方法只能檢測少量可培養的微生物，不能揭示其余大量的微生物，以至對水土環境中微生物的多樣性認識以偏概全。近年來，通過直接對樣品的DNA分析揭示其微生物種類的技術得到了較大發展，該技術可不通過對微生物進行培養的方法，更快速、準確地反映微生物種群的多樣性，為研究水土環境中的微生物組成開辟了一條嶄新的道路。通過對水土樣品DNA提取純化，利用聚合酶鏈式反應（PCR）技術，對樣品DNA進行擴增，對擴增后的產物再利用變性梯度凝膠電泳（DGGE）技術，將不同微生物類型的DNA基因片段分離，直觀顯示樣品中微生物群落的多樣性。還可將DGGE技術的產物再擴增，然后測序，準確鑒定微生物種屬。從樣品DNA提取純化，到PCR擴增，再到DGGE分離和測序，構成了一整套水土環境中微生物組成多樣性和種屬鑒定研究的分子生物學檢測技術。
土壤微生物檢測技術的建立，突破了長期以來一直采用的傳統微生物培養技術方法，可以更加直觀全面地將樣品的多樣性展示出來，以及準確鑒定微生物種屬。它不僅可以應用于科學研究，在具體的實踐工作中也具有很好的應用前景：可顯示在污染環境修復過程中，是哪類微生物大量繁殖并修復污染，這類微生物就可人工添加至類似污染環境，加速污染修復過程。同時，在成巖成礦成油的過程中，通過微生物參與技術，可以找到并鑒定相關的微生物種類，為成巖成礦成油機理研究以及利用微生物找礦而建立一種快速有效的手段。
土壤微生物檢發展方向是快速，準確，簡便，自動化，當前很多生物制品公司利用傳統微生物檢測原理，結合不同的檢測方法，設計了形式各異的微生物檢測儀器設備，正逐步廣泛應用于醫學微生物檢測和科學研究領域。例如：
1、土壤微生物檢測抗干擾培養基和微生物數量快速檢測技術結合解決了傳統微生物檢測手段不能解決的難題，為建立一套完整的抗干擾微生物檢測系統奠定了堅實的基礎。
2、BACTOMETER 全自動各類總菌數及快速細菌檢測系統可以數小時內獲得監測結果，樣本顏色及光學特征都不影響讀數，對酵母和霉菌檢測同樣高度敏感原理是利用電阻抗法將待測樣本與培養基置于反應試劑盒內，底部有一對不銹鋼電極，測定因微生物生長而產生阻抗改變。如微生物生長時可將培養基中的大分子營養物經代謝轉變為活躍小分子，電阻抗法可測試這種微弱變化，從而比傳統平板法更快速監測微生物的存在及數量。測定項目包括總生菌數，酵母菌，大腸桿菌群，霉菌，乳酸菌，嗜熱菌，革蘭氏陰性菌，金黃色葡萄球菌等。